提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
党代会后再出发,习近平以三次集体出行砺初心******
(近观中国)党代会后再出发,习近平以三次集体出行砺初心
中新社北京10月28日电 (记者 梁晓辉 黄钰钦)中共二十大闭幕不到一周,中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平带领新一届中共中央政治局常委专程从北京前往陕西延安,瞻仰延安革命纪念地。
十八大以来,党代会闭幕后,新一届中共中央政治局常委的首次集体出行寓意深刻,都释放出再出发的鲜明信号。十年前,集体参观《复兴之路》展览,以“中国梦”开篇新时代;五年前,集体瞻仰中共一大会址和南湖红船,百年大党从“梦想起航的地方”再出发;今次在中国共产党走向全国胜利的“出发点”,中共宣示走好新的远征。
“这次和中央政治局常委同志一起来,就是要宣示新一届中央领导集体将继承和发扬延安时期党形成的优良革命传统和作风,弘扬延安精神。”在延安革命纪念馆,习近平如是说。
延安精神,成为外界解码新一届中共中央政治局常委首次集体出行的重要“坐标”。作为中共在延安时期形成的宝贵精神财富,其主要内容是坚定正确的政治方向、解放思想实事求是的思想路线、全心全意为人民服务的根本宗旨、自力更生艰苦奋斗的创业精神。
在著名的“窑洞对”的发生地杨家岭,习近平用“一本永远读不完的书”来形容延安革命旧址。正是这里,见证了中国共产党关于如何跳出治乱兴衰历史周期率、避免人亡政息、确保政权长期存在的探索。
当时,毛泽东给出了第一个答案,让人民监督政府。也正是在延安时期,中共提出全心全意为人民服务的根本宗旨并写入党章。新时代,跳出历史周期率有了第二个答案——以自我革命确保党永远不变质、不变色、不变味。
两个答案,人民都是初心。历史是最好的教科书,延安这本“永远读不完的书”,温故而知新。“要弘扬伟大建党精神,弘扬延安精神,坚定历史自信,增强历史主动,发扬斗争精神,为实现党的二十大提出的目标任务而团结奋斗。”从这里外界也再次读出百年大党的初心。
回顾过去十年,新一届中共中央政治局常委的首次集体出行都是一次政治信念的宣示。
2017年10月31日,中共十九大闭幕仅一周,习近平带领新一届中共中央政治局常委专程瞻仰上海中共一大会址和浙江嘉兴南湖红船。
重回中国共产党“梦想起航的地方”,习近平就一叶红船发出感慨:“其作始也简,其将毕也必巨。”
在浙江工作期间,习近平曾把“红船精神”概括为开天辟地、敢为人先的首创精神,坚定理想、百折不挠的奋斗精神,立党为公、忠诚为民的奉献精神。
在十九大上,这样的“红船精神”与大会主题聚焦的“初心”交相辉映。习近平指出,事业发展永无止境,共产党人的初心永远不能改变。唯有不忘初心,方可告慰历史、告慰先辈,方可赢得民心、赢得时代,方可善作善成、一往无前。
在对中国革命具有重要标志性意义的原点,探寻中共的精神密码,正是百年大党对初心最鲜明的叩问。
2012年11月29日,中共十八大闭幕刚两周,习近平带领全体中央政治局常委赴国家博物馆参观《复兴之路》展览。
“现在,大家都在讨论中国梦,我以为,实现中华民族伟大复兴,就是中华民族近代以来最伟大的梦想。”习近平在参观中首次提出“中国梦”,映射着中华民族在复兴之路上的昨天、今天、明天——“雄关漫道真如铁”“人间正道是沧桑”“长风破浪会有时”。
以“中国梦”开篇,沿着这条复兴之路,中国共产党领导下的中国历史性消除绝对贫困,在中华大地上全面建成小康社会,顺利完成第一个百年奋斗目标。
新征程上,中国共产党进一步走上以中国式现代化全面推进中华民族伟大复兴的道路,并重申“我们要始终坚持一切为了人民、一切依靠人民”。
历史,总是在一些特殊时刻更能给人以启迪。三次政治局常委集体出行,习近平着眼的“一本书、一叶舟、一条路”,有着百年大党不变的初心和使命:为中国人民谋幸福,为中华民族谋复兴。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)