提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
广东地区铁路到达旅客连续5日超130万人次******
中新网广州1月31日电 (郭军 胡靖 郭静)记者1月31日从广铁集团获悉,当日春运进入第25天,广铁预计发送旅客158万人次,同比2022年春运增长29.5%,恢复到2019年春运同期的99%。
当日,广东地区铁路发送旅客81.5万人次,湖南地区铁路发送旅客58.6万人次。广东地区铁路到达旅客连5日超130万人次,当日到达旅客134.8万人次,其中广州南站到达40万人次,广州站到达9.1万人次,深圳北站到达27.4万人次。
据广铁集团客运部介绍,今年节后春运,务工流、探亲流、学生流叠加,预计元宵节后将迎来春运节后第二个客流高峰。根据售票预售情况分析,2月6日,广铁集团旅客发送量峰值预计超120万人次,为2022年节后客流最高峰的八成以上。
广铁集团根据铁路12306车票预售和候补情况,精准有序做好运力梯次投放。重点对前往广州、深圳、东莞等地的返程旅客,采取扩编、加挂、启动热备车底、加开夜间高铁等多种扩能方式,保障旅客出行需求。
1月31日,广铁集团开行1451对列车(含1244对动车组列车),其中加开379对列车(含304对动车组列车)。此外,为满足务工旅客多样化的出行需求,当日增开长沙至深圳T8305次、K6623次两趟普速列车等75趟普速列车。
广州南站、广州站、深圳北、长沙南等车站,优化旅客进站、候车、检票、上车、乘车、出站流线,加强客流密集场所和关键部位的旅客组织,确保旅客乘降安全有序。广州地铁部分线路站点延长75分钟营业时间,公交车部分线路延长至凌晨1点,出租车服务至最后一班高铁到达后20分钟,为旅客打通出行“最后一公里”,实施“兜底”疏运保障。
余票信息方面,截至1月31日,湖南、广东地区前往以下方向还有余票:湖南地区长沙南站至郑州、深圳、省内短途等方向尚有余票,长沙南至上海、杭州、宁波、广州等方向有少量余票。
广东地区广州南站至潮汕、长沙、武汉、贵阳、南宁等方向尚有余票,去往北京、上海、杭州等方向票额紧张;广州站去往上海、杭州等方向票额比较紧张,其余方向票源充足;湛江西站去往广州、深圳等方向票额较为紧张。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)